O Rsync sincroniza apenas em uma direção.
Se você sincronizar de B a A, o conteúdo de A será sobrescrito (e vice-versa). Basicamente, você deve selecionar uma máquina master e fazer todas as alterações lá.
Se as alterações precisarem ser feitas nas duas máquinas, você precisará da sincronização bidirecional. O Unison é um bom programa para esse propósito.