Isso é fácil com o plugin Notepad ++ NppExec.
Na janela do console NppExec, basta digitar:
logtool.exe $(FULL_CURRENT_PATH)
(Você pode ter que colocar o caminho completo para logtool.exe).
Se é isso que você procura, e se você usa muito, você pode "produzir" isso tornando-o um macro interna dentro do Notepad ++ e associá-lo a um atalho de teclado. Isso salvaria alguma digitação.