Muito fácil. Tudo o que você precisa fazer é criar um arquivo .reg, clicar duas vezes nele e a alteração entrará em vigor imediatamente.
Copie o seguinte para um editor de texto e salve o arquivo como ShowHiddenFiles.reg :
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL]
"CheckedValue"=dword:00000001
Um CheckedValue de 2 oculta arquivos ocultos, um valor verificado de 1 mostra-os.