Na verdade, não uso o Zend Studio, mas ele é baseado na plataforma Eclipse. Para uma instalação padrão do Eclipse, normalmente Ctrl + / é normalmente mapeado para alternar os comentários. Eu também vi Ctrl + / mapeado para comentar e Ctrl + \ usado para descomentar.
Você sempre pode verificar sua ligação de teclas acessando Window- > Preferences e selecionando "Keys" na ramificação "General" das configurações.