1) An additional check on MAC address, but... are MAC addresses preserved thru VPN?
Os endereços MAC podem ser alterados. Mesmo que você escreva um programa personalizado que cutuve o hardware diretamente, é possível executá-lo dentro de uma máquina virtual e rotear o tráfego da VPN através dele.
Além disso, a conexão VPN geralmente recebe sua própria interface de rede virtual, com seu próprio endereço de hardware.
2) Some kind of extra identification of the client (User Agent, open ports, I want to make sure that is the very same client I authorized).
Todas essas coisas são manipuladas facilmente.