rdiff-backup - É um script em perl simples usando o rsync (copia apenas arquivos modificados). Pode backup local para diretórios locais, local para remoto, remoto para local ou remoto para remoto, pode encapsular através de ssh para segurança.
O melhor recurso é manter as versões dos arquivos e você pode restaurar os arquivos não apenas para a última versão, mas também para os anteriores, economizando apenas o tráfego de rede sem diferenças.
É fácil programá-lo no cronjob no Linux, provavelmente funciona também no Windows.