Você provavelmente precisará usar xdg-su :
xdg-su provides a graphical dialog that prompts the user for a password to run command as user or as root if no user was specified.
xdg-su is for use inside a desktop session only.
Se o comando de ativação for /usr/bin/netbeans/
, altere-o para xdg-su -c /usr/bin/netbeans
.
Como alternativa, descubra onde o netbeans armazena seu espaço de trabalho e atribua a propriedade ao seu usuário atual.