Se você estiver usando o Excel ou alguma planilha, classifique os itens na mesma ordem e use seus olhos. Se um item não existir em uma coluna, adicione uma entrada em branco às outras para manter tudo alinhado. É lento e uma dor, mas funciona.
Classifique cada coluna de dados na mesma ordem e extraia cada um em um arquivo separado no Excel ou em um arquivo de texto ou em algum formato comum. Use um aplicativo como o BeyondCompare para comparar dois arquivos por vez. Ele mostrará incompatibilidades entre os dois. Eu não acho que pode fazer mais do que dois de cada vez, no entanto. Não é lento e geralmente funciona muito bem.