É possível se e somente se o live CD explicitamente o suportar. Você poderia ter rc.local na iso sempre procurando por um arquivo em um local pré-definido no disco rígido; mas isso é perigoso (se você colocar o CD em um computador que você não conhece bem, você não tem idéia do que ele vai acabar executando) e frágil (como você vai escolher quais partições montar e assim por diante?). Você também pode reagir a um argumento de linha de comando do kernel (ou seja, algo que você digitaria no prompt de inicialização). Mas não haveria tanto sentido quando você poderia digitar o nome do script depois de inicializá-lo.
Eu suspeito que a abordagem mais fácil seria inicializar a partir do USB em vez do CD e executar um script na unidade USB.