Respondendo a minha própria pergunta caso alguém tenha o mesmo problema.
A solução mencionada no comentário de Marky fez com que o touchpad fosse arrastar / soltar novamente, mas impedia que qualquer multi-touch funcionasse, então 2 Scroll com Dedos, 2 Dedos com o Botão Direito, etc. pararam de funcionar. Enquanto usava o Unity 2D, eu continuava reiniciando o Xorg (logout, log de volta) sempre que tive problemas com o mouse.
A correção no final foi inesperada: atualizar para o Unity 3D. Eu não tive o problema desde a mudança. Eu presumo que algo nas chamadas suspensas / retomadas do Unity 2D está quebrando a funcionalidade do touchpad.