Se você compilar a partir da linha de comando make provavelmente funcionará.
Mas se - por exemplo - após ./configure abrir o Eclipse e tentar construir o projeto, você poderá ter esse aviso ( no all rule ).
Além disso, alguns make , por padrão, esperam um all na regra Makefile se nenhuma regra específica for fornecida na linha de comando.
Sugiro que você abra o (s) Makefile (s) e adicione a regra
all: build
após a primeira regra (geralmente é o padrão: make aceita a primeira regra se nenhuma for fornecida). build é a primeira regra - pode ser diferente no seu caso.
Ou você pode alterar as chamadas make para make <rule> .