Ok, essa foi uma pergunta estúpida; se você criar o Xorg.conf, o Fedora irá usá-lo. No entanto, ainda não sei como fazer isso funcionar bem com o Xrandr.
Nas configurações do NVIDIA X Server na configuração de exibição do X Server, tenho a opção de ter dois monitores usando telas X separadas. Mas o programa quer salvar esta configuração no Xorg.conf, que o Fedora 13 não possui, então obviamente não funciona. Existe outra maneira de fazer isso? Eu gostaria de usar alguns scripts usando o Xrandr, mas com a configuração TwinView, ele vê apenas uma tela virtual esticada sobre dois monitores.