Verifique o atalho no menu. Não sei como fazer isso na JVM, tente clicar com o botão direito do mouse em um item de menu e clique em "Propriedades". Se isso não funcionar, arraste-o para a área de trabalho e clique com o botão direito do mouse em + Properties lá (ele definitivamente funciona no GNOME). Na pior das hipóteses, abra o arquivo .desktop em um editor de texto.
Encontre um campo chamado "Comando" ou algo semelhante (é "Exec" no arquivo .desktop). Quando você clica no item de menu, ele executará esse comando. Se for o mesmo que você tenta do terminal, tente marcar a caixa de seleção "Executar no terminal" (ou defina Terminal=true
no arquivo .desktop). Se não, mude o comando para o mesmo que funciona para você. Você também pode verificar o diretório de trabalho.