Com base em sua descrição, parece provável que sua unidade "problemática" esteja falhando e que as velocidades lentas tenham sido o resultado de uma incapacidade de ler dados da unidade.
O Windows grava informações em uma unidade quando ela é montada. Você pode tentar usar um LiveCD baseado em Linux, o que permitiria que você tentasse copiar informações sem ter a unidade montada usando um programa como ddrescue .