Você pode usar o utilitário brilhante e gratuito Display Changer a partir das 12 da manhã. Isso tem várias opções para permitir que você controle a resolução, posição, deslocamento, etc. de vários monitores.
Eu usei isso, e seu predecessor ResChange com grande sucesso, e criei uma linha de arquivos batch para configurações comuns para poder usar atalhos para acessá-los rapidamente (por exemplo, laptop aberto + monitor externo no site do cliente, duas telas LCD via docking estação quando volta na base).
Acabei de reler sua pergunta. Se o problema for realmente a posição da imagem no monitor, tente ajustar a taxa de atualização (outra coisa que você pode fazer com o Display Changer), pois às vezes isso resolve o problema, na minha experiência.