Quando você quer dizer recorte - quer dizer que está fora de sincronia, muito curto, o volume está em toda parte ou parece que você não está recebendo todo o áudio?
Os filmes em 1080p - eles têm som 5.1 (ou 7.1)? Na guia Áudio, você está mixando o áudio para estéreo ou deixando-o como está?
O fator de conversão de vídeo não terá relação alguma com o áudio - verifique quais são as configurações na guia de áudio. De nota, o iPad só suporta som estéreo em AAC até 320 kbps.