Você tem o Thunderbird aberto quando isso acontece? Quaisquer outras aplicações são afetadas?
Provavelmente seria uma boa ideia fazer um backup do seu perfil tb, o que você poderia fazer simplesmente copiando a pasta do perfil e todos os subdiretórios para um local alternativo, ou você poderia usar um utilitário projetado para a tarefa:
Pelo menos, isso facilitará a tarefa de restaurar o perfil e a correspondência.