se você quer desempenho, segurança e flexibilidade, eu sugiro dar uma olhada no nx - nomachine.com tem um bom cliente Windows, e o servidor freenx funcionará no lado do servidor
Estou acostumado a usar o RDP no Windows para remoto em máquinas, e eu tenho um asus eee 701 que eu quero usar para fazer alguma programação * nix. Enquanto o eee é uma adorável e pequena máquina, a tela e o teclado são um pouco pequenos para usar em muitas programações.
Eu tentei usar o Xming (a versão gratuita) para login remoto no eee da minha área de trabalho usando XDMCP (ou mesmo usando uma sessão ssh como um servidor X11 direto e nenhum desktop no eee) a coisa toda parece seriamente lenta por wifi o desktop inicial leva pelo menos 5 segundos para pintar (pode até ser 10 segundos que eu não consegui sincronizá-lo).
Então, minha verdadeira pergunta é o que os outros usuários usam para controle remoto com uma GUI para suas caixas * nix? Eu estou achando difícil acreditar que o desempenho é tão ruim em uma rede wifi (isso faz com que os Mac IIs usassem uma faculdade em 1988 parecessem rápidos) ou isso é apenas um problema com Xming e usar o servidor Cygwin X11 seria melhor.
Não é exatamente o desktop remoto, mas funciona;
www.tridiavnc.com
é inerentemente inseguro, mas se você controlar quando você está usando, e não abrir a porta no seu roteador, você deve ser bom.
Você já considerou o encaminhamento do X11 usando o SSH ? Eu usei isso com muita satisfação no passado.