Eu consertei o mesmo problema na minha instalação do Ubuntu lendo o comentário do @ fluteflute acima no Bug # 576734 (https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/empathy/+bug/576734).
Especificamente, este comentário no tópico: link
espero que ajude.
Recentemente, a empatia mudou seu comportamento para links abertos.
Em algum momento, os links colados na janela de mensagens instantâneas eram abertos com qualquer programa associado ao tipo mime do tipo de conteúdo do link, por exemplo, se o link estivesse apontando para uma imagem, ele estava aberto no eog, se o link era uma página da web, ele estava aberto no gedit (minha configuração padrão).
Agora, ele abre tudo no Google Chrome, embora não seja meu navegador padrão, eu verifiquei em todos os lugares e o Google Chrome não está definido como padrão.
Estou pensando que é um bug, mas queria perguntar antes de ir para o launchpad. Está acontecendo o mesmo com você?
Existe uma maneira de forçar a empatia a abrir tudo no firefox como solução alternativa?
Se você acessar o sistema > Preferências > Aplicativos preferidos (ou execute "gnome-default-applications-properties" na linha de comando), você pode selecionar qual navegador web o GNOME considerará como seu navegador padrão, o que a Empathy respeitará.