Você não pode converter .exe para .deb. São duas coisas completamente diferentes. Eu não acho que executá-lo no Wine vai funcionar também. Se o chamado assistente de suporte for verificar a bateria, precisará acessar algumas coisas próximas ao hardware, o que seria específico do Windows e de seu modelo específico de computador.
Você pode executar o Windows em uma máquina virtual, mas isso não permite que o programa verifique sua bateria.
O que você realmente precisa fazer é instalar o Windows em uma partição separada ou algo assim, o que deve permitir que o programa funcione.