Sua primeira frase parece ser contradita pelo segundo. Você mantém o seu Perl através do gerenciador de pacotes da sua distribuição linux, ou você constrói a partir do código fonte?
Se você criar a partir do código-fonte, basta fazer o download da nova distribuição, montá-la e instalá-la como você fez na primeira vez. Ele sobrescreverá versões antigas de executáveis e bibliotecas com novas, conforme necessário, mas não excluirá nada que você tenha instalado via CPAN.
Não há truque para isso realmente.