Parece que o seu problema é que os dados estão em dois lugares.
Soluções possíveis:
a) Faça 2 tabelas dinâmicas para os dois blocos de dados. Use as fórmulas GetPivotData para extrair os valores dos itens correspondentes (por exemplo, por código do produto) e subtraí-los.
b) Leve alguns dos dados de uma planilha para outra usando, por exemplo, o VLOOKUP para buscar o valor inicial do estoque na sua tabela de vendas, mas apenas para a primeira ocorrência de um produto sendo vendido. Inclua essa coluna extra em seu pivô de vendas e adicione um campo calculado para subtraí-las.
Eu prefiro (a) mas você teria que fazer alguma preparação para criar uma lista de códigos de produto exclusivos (cole vendas + inventário juntos e remova duplicatas e classifique) para poder apontar as funções do GPD nessas células.