Se as placas exigirem alimentação extra PCI-E (6 pinos ou 8 pinos) e tiverem os conectores no final das placas, as placas não funcionarão até que estejam conectadas.
Se eles não tiverem conectores de energia extras nos cartões, eles devem funcionar normalmente. Comece com um cartão no slot PCI-E 16x primeiro e certifique-se de que ele funcione primeiro. Então eu tentaria a próxima carta sozinha no mesmo slot e me certificaria de que funcionasse.
Depois de conhecer os dois trabalhos individualmente, experimente-os e veja o que acontece.