Você pode querer tentar executar o chkdisk / r caso um erro do sistema de arquivos esteja causando o problema. Se não, então eu acho que você vai precisar encontrar uma maneira de movê-los para fora do caminho para que você possa substituí-los por uma boa cópia. Dependendo dos arquivos, você poderá fazer isso a partir do modo de segurança, caso contrário, você precisará de um CD inicializável (bartpe ou ubuntu live cd seria mais fácil). Quando eles estiverem fora do caminho, o reparo do seu sistema provavelmente terá uma chance melhor.