Existem dois tamanhos que um arquivo possui. Um é o tamanho do arquivo em si. O outro é o tamanho do arquivo no disco. Isso é por causa de como os sistemas de arquivos funcionam. Isso pode não cobrir a "perda" de espaço total no seu caso, mas se você tiver muitos arquivos pequenos, isso não é impossível. Eu não sou bom com ferramentas do Windows, então talvez alguém te ajude a descobrir os detalhes.