A little over a year ago i installed both linux and windows on my machine (gpt partition table, dual boot with grub loader).
Parece que você está usando o GPT, o que implica uEFI não BIOS / MBR, portanto, reparar o MBR não ajudará. Você deve tentar o Windows Startup Repair . Deve corrigir isso.
deleting all partitions without a label and resizing my primary...
BTW, essas partições eram provavelmente ESP (EFI System Partition) com GRUB e Windows Boot Manager.