Acabei de atualizar do XP para o Windows 7 há alguns dias.
Pelo que me lembro, o conteúdo de C: \ Documents and Settings, C: \ Arquivos de Programas e C: \ Windows foi movido para uma nova pasta chamada C: \ Windows.old. Nenhuma das outras pastas no meu C: \ foram movidas ou excluídas.
Então, se você está apenas olhando para copiar arquivos do seu perfil de usuário atual para o novo perfil do Windows 7, você deve estar bem.
Isto presume que você não modifique a partição do drive e / ou formate a unidade.
Observação: Mesmo que eu diga que é possível recuperar seus dados de "migração" após a atualização sem a unidade externa, ainda assim recomendo que você encontre uma maneira de fazer o backup de suas coisas apenas por precaução.