Como você não pode fazer uma atualização in-loco do XP para o Windows 7, perderá as permissões nas pastas quando fizer uma nova instalação.
Eu não ficaria surpreso se houvesse um programa que pudesse capturar as permissões. Em seguida, aplique-as novamente no Windows 7. Mas, mesmo que seja possível, pode ser tão rápido quanto recriar as permissões.
Fique tranquilo, você verá as pastas da segunda instalação.
O que acontece com os usuários: é uma situação de grupo de trabalho ou domínio?