Qual versão do PHPMyAdmin você está usando?
Eu vejo o bug # 2808564 que soa bastante semelhante ao seu problema. O arquivador indica que apenas alguns arquivos causaram o problema. Foi recomendado atualizar para o PHPMyAdmin v3.2.
Se você não puder atualizar o PHPMyAdmin, poderá tentar usar outro arquivador para criar o zip, como o WinZip ou o WinRar. Você também pode tentar usar outro formato de compactação como o Gzip.