Estou executando o Windows 7 x64. Algum tempo atrás eu estava tentando modificar os temas do Windows usando algo que eu baixei do deviantart. Eu me lembro de alguns dos arquivos instalando um monte de lixo indesejado e precisando modificar arquivos do sistema, embora desde há muito tempo eu não me lembro quais. Depois de instalar algo a partir daí, o Windows Explorer parou de executar aplicativos de 64 bits: clicar duas vezes no arquivo .exe simplesmente não faz nada, clicar com o botão direito e selecionar "Abrir" ou "Executar como administrador" também é ignorado. Aplicativos de 32 bits são executados normalmente e o lançamento de aplicativos de 64 bits por outros meios, como um gerenciador de arquivos de terceiros, também funciona bem.
Eu tentei localizar o problema, mas não encontrei nada fora do comum com arquivos do sistema. Também não é um problema com uxtheme.dll, desde que eu verifiquei especificamente esse arquivo. Reinstalar o Windows não é uma opção. Portanto, a pergunta é: quais são as bibliotecas que o Windows Explorer usa para executar arquivos e quais delas poderiam ter sido corrompidas sem problemas que se estendiam além do escopo desta questão?
Use o SFC (verificador de arquivos do sistema) incorporado ao Windows.
sfc /scannow
Ou use o DISM (versões recentes do Windows).
Ambos são bem documentados e aparecem em muitas formas. Parece-me que houve algum tipo de injeção de DLL que está impedindo o Explorer de executar executáveis de 64 bits.
Então, experimente também um antivírus. Boas entradas gratuitas incluem o AVG.