1a tentativa : você tentou reinstalar os drivers USB? Isso poderia resolver o problema para você (eu tive um problema semelhante com o meu Nexus 5).
2ª tentativa : o MTP está ativado no telefone?
Configurações > Armazenamento > Menu > Conexão USB ao computador
Também nas opções do desenvolvedor há um comportamento padrão "Select USB Configuration" você pode configurá-lo para MTP também.
3a tentativa : limpe a partição cache , isso resolveu a maioria dos meus problemas estranhos durante o desenvolvimento.