Alguns passos para tentar solucionar problemas:
Você pode usar a VPN de qualquer cliente Windows na rede? (ou qualquer outro cliente na LAN, qualquer coisa que seja a VM de hospedagem. Se entender sua postagem corretamente, este dispositivo é o único que pode se conectar através da VPN.)
Ao tentar se conectar à VM VPN [do servidor linux], execute o seguinte comando no servidor para ver se a conexão de rede está sendo construída: netstat | encontre / N "x.x.x.x" // onde x.x.x.x é o IP do servidor Linux
Isso lhe dirá se a conexão de rede está sendo construída. (Você pode realmente assistir à construção do handshake SYN-ACK.) Só porque você pode conectar a 500 e 4500 não significa que outras portas necessárias possam estar funcionando (por exemplo: 10000 [UDP], 50, 51 [IP]).
P.S. O Cisco AnyConnect reescreve as tabelas de rotas de hosts quando ativadas para impedir especificamente o tunelamento dividido (para evitar que o túnel seja ignorado). Isso exigiria o gerenciador de tarefas ou um arquivo em lotes para restaurar as rotas internas após a VPN ser estabelecida.