Não é recomendado usar seu sistema enquanto ele estiver desfragmentando. Por ser você inadvertidamente pode causar corrupções de arquivos e não apenas com o arquivo que você está editando, uma vez que os arquivos estão sendo movidos fisicamente no disco. Se você modificar um arquivo e ele crescer em tamanho, é possível substituir dados em outro bloco em que a desfragmentação ou o arquivo / arquivos foram movidos ou o arquivo que você acabou de modificar será substituído pelos dados.
Quanto à exclusão de arquivos, sim, você geralmente pode excluir arquivos sem causar muitos problemas, a menos que o desfragmentador esteja atualmente movendo o arquivo que você está tentando excluir. Além disso, você não deve excluir arquivos enquanto desfragmenta arquivos, pois você pode causar mais fragmentação, especialmente a fragmentação de espaço livre. Além disso, às vezes, a exclusão / modificação de arquivos pode causar lentidão no defragger.
Você deve excluir os arquivos antes de desfragmentar para que o defraudador possa otimizar seu trabalho, pois haverá mais áreas livres que o defragger conhece, como geralmente varre o HDD para essas áreas antes de começar a executar seu trabalho e não como está desfragmentando.