A maneira mais fácil de eliminar o ícone é impedir que o programa seja executado. Você pode ativar e desativar programas de inicialização no Gerenciador de Tarefas (clique com o botão direito na barra de tarefas).
Se você quiser que o programa continue funcionando, precisará encontrar uma configuração que o programa respeite. Se você tiver sorte, ele estará na interface do programa, mas pode estar oculto no registro do Windows ou pode não haver nenhuma configuração.