Eu tenho uma partição ext3 que eu uso como uma partição de dados tanto no Linux quanto no Windows via ext2fsd. Eu tenho feito isso por 5 anos ou mais e funciona bem. Tipicamente, no linux, eu faço uma ligação simbólica entre as pastas de diretório / perfil e as pastas correspondentes nessa partição de dados. Fazer um symlink completo do diretório home não é aconselhável caso você queira inicializar sem o diretório de dados anexado.
Ir na outra direção e montar ntfs a partir do linux é muito fácil, especialmente se você estiver fazendo somente leitura. A melhor maneira é atualizar seu fstab, mas há uma variedade de opções descritas aqui
Quando faço meus backups, rssync a partição de dados, por isso não preciso me preocupar com processos separados de backup para Linux e Windows.