TL; DR - qualquer opção é segura, a opção 1 é a mais fácil.
Quando você criou a máquina virtual para instalar o Ubuntu, o Virtualbox pediu para você criar uma unidade virtual.
A menos que você expôs explicitamente seus discos físicos à sua máquina virtual (é muito improvável que você tenha feito isso acidentalmente), sua máquina virtual está restrita a esse disco virtual (ATA VBOX HARDDISK (8.6GB) ) que reside em um arquivo no disco físico.
Portanto, você pode fazer o que quiser de dentro dessa VM e não poderá tocar em nada fora desse arquivo, isto é, ele não afetará nada na partição do Windows (exceto o espaço ocupado pelo arquivo de backup do disco virtual , isto é).