Você precisa usar uma ferramenta como o Process Explorer ou o Monitor de Recursos para ver o que está usando toda a RAM. Parece que você tem um aplicativo com um vazamento de memória em execução em segundo plano.
Não tem nada a ver com fragmentação de disco. Você precisa descobrir quais aplicativos estão usando a RAM. Eu vejo isso mais comumente com aplicativos Java.
A alta CPU pode ser devido a uma atividade repentina de troca (o sistema tentando liberar memória RAM gravando memória de prioridade mais baixa no arquivo de troca). As ferramentas do Antivírus também podem aumentar se a atividade repentina do disco entrar em ação.
Nos dizer o que está funcionando também seria útil.