(Parece que o seu problema não é o Windows não inicializar, é que a unidade não é reconhecida e, de fato, estraga a conexão SATA para a primeira. Provavelmente, você pode encontrar mais ajuda pesquisando "Solução de problemas da unidade SATA" ")
Você conectou a unidade exatamente como? Novo cabo para segunda porta SATA na placa-mãe? Portanto, há duas coisas para verificar, um novo cabo e uma nova unidade.
Sugira que você tente conectá-lo no lugar da sua unidade existente, no cabo da unidade e, em seguida, vá para a BIOS para ver se consegue encontrá-lo. Se não aparecer, eu diria que é um fracasso e você deve devolvê-lo para outro. Em caso afirmativo, talvez o cabo seja o problema, e você deve tentar usar o cabo bom e conectá-lo à segunda porta SATA da placa-mãe. Então você saberá se a segunda porta está ruim ou talvez a placa-mãe tenha alguma configuração que não está configurada corretamente, ou você está usando alguma porta que não está ativada.
Outras coisas para verificar
Jumpers no disco rígido estão certos? (Provavelmente não tem nenhum ...)