3 coisas vêm à mente:
- Algum tipo de problema de compatibilidade entre a unidade com comportamento inadequado e o controlador SATA3. É raro, mas não é inédito. Geralmente acontece com unidades SATA3 iniciais ou controladores que não implementam 100% da especificação SATA3 corretamente. Nenhuma solução real para isso, além de usar outro drive / controlador.
- Você também trocou os conectores de energia pelas unidades? Se você fez a unidade com mau comportamento pode agora estar em um power-rail que está sendo executado no limite de sua capacidade máxima de energia. Esta unidade precisa de um pouco mais de suco do que a outra, e o trilho não pode suportar a carga extra. Tente trocar alguns conectores de energia para ver se isso ajuda.
- A unidade está realmente morrendo, mas só causa problemas no controlador SATA3. No SATA2 ele simplesmente não aparece (ainda), talvez porque o tempo é menos crítico aqui. Coloque-o de volta no SATA2 e verifique os dados do SMART. (Também é possível que o log de erros SMART mostre algumas outras informações que esclarecem mais o problema durante a conexão com o SATA3.)