Então escrevi o roteiro para você em vbs porque estava entediado no trabalho. Tudo o que você precisa fazer é criar um novo arquivo de texto, copiar e colar o script, substituir o caminho na última linha do caminho da pasta que deseja aplicar, salvar o arquivo de texto com uma extensão .vbs.
Set fs = WScript.CreateObject ("Scripting.FileSystemObject")
Sub ShowSubFolders(Folder)
For Each SubFolder In Folder.SubFolders
set objFolder = fs.GetFolder(SubFolder)
Set files = SubFolder.Files
ShowSubFolders Subfolder
if files.Count < 4 And objFolder.SubFolders.Count = 0 then
fs.DeleteFolder Subfolder
end if
Next
end sub
ShowSubFolders fs.GetFolder("C:\your\folder\path\here")
PS: Eu não passei muito tempo testando, mas deveria estar funcionando. Basta criar um backup primeiro e após a execução, compare-o com o backup. Não quero que você perca nenhum arquivo importante.