Talvez seja uma opção comprar um disco rígido com criptografia de hardware interno.
Eu não entendi como você acessa o HDD do seu PC. Se você usar o CIFS, poderá usar o Symantec PGP. Este software pode criptografar arquivos em compartilhamentos de rede. Você pode definir diretórios em um compartilhamento de rede e configurar quais dados serão criptografados e quais não.
Dê uma olhada aqui:
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Eu tenho uma boa experiência com esses HDDs
Não, o software PGP criptografa cada arquivo, portanto, não é necessário montar um disco virtual para acessar os arquivos criptografados. Isso é muito melhor para o meu ponto de vista. Também muitos peoble podem acessar esses arquivos criptografados, isso não é possível com o TrueCrypt. Nunca-a-menos, dependendo de suas necessidades, qual é a melhor solução.