Eu tive um problema muito parecido. No Windows eu usei isso para renomear e copiar arquivos em lote.
A ferramenta é chamada Bulk Rename Utility. Basicamente, permite usar o Regex para combinar vários arquivos e renomeá-los de acordo com um padrão. Também permite o recorte do nome do arquivo, que parece exatamente o que você precisa. Há também outras ferramentas semelhantes por aí que permitem que você faça o mesmo e uma rápida pesquisa no Google irá revelar a maioria deles.