Dentro de qualquer unidade de disco rígido (não-SSD) há vários discos girando no mesmo eixo e um conjunto de braços que se encaixam entre os discos. Na ponta de cada braço é uma cabeça, que lê os dados do disco. Os braços balançam para frente e para trás de tal maneira que as cabeças podem alcançar todos os pontos nos discos.
Quando o disco não está muito cheio, os braços só precisam se mover em uma pequena parte do raio do disco. Em média, as leituras acontecerão mais rapidamente do que se elas precisarem se mover pelo disco inteiro, o que ocorre quando o disco está quase no limite de capacidade.
O preenchimento do disco rígido não deve prejudicá-lo de forma alguma, mas, como dito acima, ele tenderá a torná-lo mais lento.
Se a velocidade for uma preocupação, você também pode considerar a desfragmentação da sua unidade ( esta página tem instruções para o Windows). A desfragmentação move itens em seu disco de uma maneira que melhora o desempenho, sem perder nenhum dado.