Você não está especificando como está transferindo os arquivos. De um lado você pode tentar mudar os cabos ethernet por novos. Você pode ligar para o seu ISP e pedir que eles substituam o seu roteador. Você pode atualizar para o windows 8.1.
Provavelmente você não está usando o mesmo programa para transferir os arquivos entre os dois computadores com windows e os dois computadores com linux e windows, respectivamente. Tente usar scp na linha de comando nos dois computadores e compare.