Eu suspeito que o Intel Extreme Tuning Toolkit apenas define a frequência máxima de turbo da iGPU. Em seguida, a frequência real é dimensionada dinamicamente entre os valores mínimo e máximo permitidos com base nos orçamentos térmicos e de energia da CPU. Veja a fig. 1, página 7, link
Se esse for realmente o caso, o desempenho do iGPU dependerá da carga atual da CPU. Então você pode testar essa hipótese carregando um ou dois dos núcleos da CPU e verificando como ela afeta sua pontuação (assumindo que o benchmark é quase puramente testando o iGPU). Além disso, você pode obter um desempenho gráfico mais consistente, aumentando o TDP (Thermal Design Power, Poder de Design Térmico) permitido em seu BIOS (não disponível em todas as placas-mãe).
Advertências padrão são aplicáveis.
Editar: link sugere que o afogamento térmico será ativado rapidamente quando houver excesso de clock o HD 4000 (que pode explicar seu desempenho variável) e que aumentar o TDP aumentando o limite atual no Extreme Tuning Toolkit da Intel pode resolver o problema.