Crie um script de shell para iniciá-lo. Programas executados a partir do terminal são considerados filhos desse terminal. Matar o terminal, por sua vez, matará todos os processos bifurcados.
Um exemplo poderia ser:
#!/bin/bash
program_name &
Salve o arquivo como algo como:
filename.sh
chmod +x filename.sh
chmod + x irá torná-lo executável, o programa deve agora ser duplo clicável.