Basta usar o crontab, em vez de usar um intervalo de tempo, simplesmente diga @reboot
Então faça o login como o usuário que deve iniciar este script e digite o comando
crontab -e
e, em seguida, insira
@reboot /better/enter/fullpath/here/docker-compose -f /usr/bin/myapp/docker-compose.yml -p myapp start
Reinicialize o sistema e veja se funciona. Há uma vantagem sobre o upstart, mesmo que seja iniciado um pouco mais tarde, você não precisa se preocupar muito com dependências como redes, etc. para estar pronto já.