Não há como impedir que isso aconteça, eu acho. Quando tento redefinir a senha do usuário local no Painel de Controle, o Windows também me avisa sobre a perda de senhas de rede, senhas salvas pelo navegador, etc.
Se você alterar a senha de volta para a senha antiga, suas senhas salvas voltarão. Parece que todas as senhas no Windows Vault são criptografadas com base na senha de login do seu PC. Quando a senha de login é alterada, todas as suas senhas salvas anteriormente ficam inutilizáveis.