Você pode simplesmente ir para as configurações avançadas do utorrent e adicionar 'Executar o programa quando um torrent terminar'.
Como você sugeriu, crie um arquivo bat.
Adicionado: peço desculpas, não li a sua pergunta corretamente. Agora, como você quer fazer algo que não é exatamente parte da solução, você pode usar uma API para se comunicar com o programa (registre-se para obter uma chave). link
Eu acho que você pode consultar o status de sincronização, e quando o status.isSynced (não a função real), então você pode enviar um comando de desligamento do PC.