Oi eu tenho o mesmo problema, mas consegui resolvê-lo.
Placa-mãe: Asus X99-a / USB3.1
Placas de vídeo: 2 x AMD R9 Nano
Processador: Xeon E5 v3 com 40 pistas PCIE
PSU: Enermax 1500W
No começo eu tenho exatamente os mesmos sintomas - nenhuma opção de fogo cruzado, segundo cartão desativado.
Tentei o seguinte: Trocar cartões, instalar um depois o outro, usando 3 drivers diferentes - mais recente, Beta e um antigo driver encontrado no artigo do TechPowerUp que comparou um par de R9 Nanos no CrossFire.
Então, como última opção, eu carreguei Optimized Defaults na minha placa-mãe (claro, primeiro salvando todas as minhas configurações, incluindo overclocks em um perfil). Então viola CrossFire trabalhou como um encanto, benchmarked foi ótimo. Eu coloquei de volta o driver mais recente AMD 16.10.3 e que funcionou também.
Então eu comecei uma caçada em qual configuração da placa-mãe foi aquela que causou o CrossFire falhar. Não foi o overclock. Foi "Acima de 4G Decoding". Desativar isso ativará o CrossFire. Não acredite em mim, experimente!